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Durante décadas, o estudo do microbioma humano assentou maioritariamente na sequenciação do gene 16S rRNA, um marcador filogenético presente em todas as bactérias. Esta abordagem permite identificar quem está presente na amostra, mas é fundamentalmente cega à actividade metabólica dos microrganismos detectados. Um gene presente não é necessariamente um gene activo, e a diferença entre os dois é clinicamente determinante.

A metatranscriptómica resolve esta limitação ao analisar o RNA mensageiro total da comunidade microbiana, ou seja, a transcrição génica activa no momento da recolha da amostra. Em vez de um inventário taxonómico, obtém-se uma fotografia funcional em tempo real, mostrando quais os genes expressos, quais as vias metabólicas activas e que metabolitos estão a ser produzidos.

Um estudo de 2025 publicado na Frontiers in Microbiology comparou directamente a metatranscriptómica com a sequenciação 16S, a metagenómica viral e a transcriptómica do hospedeiro, demonstrando que uma única análise metatranscriptómica consegue complementar ou substituir estas abordagens independentes numa só amostra. A sua principal vantagem reside na observação simultânea de múltiplas camadas do microbioma activo, permitindo análises inter-reino que nenhum método anterior tornava viável de forma custo-eficiente.

Num estudo independente de 2024 publicado no Microbial Genomics sobre os limites da sequenciação 16S, os investigadores demonstraram que a capacidade preditiva desta abordagem para inferir perfis funcionais e metabólicos é estruturalmente limitada. A abundância taxonómica não se traduz linearmente em actividade funcional, tornando as conclusões clínicas baseadas em 16S intrinsecamente incompletas.

A Viome utiliza tecnologia metatranscriptómica de sequenciação de RNA de alta resolução num laboratório certificado CLIA, analisando não apenas os microrganismos presentes, mas o estado funcional do microbioma intestinal e oral. Isto inclui a identificação de vias metabólicas activas como a produção de ácidos gordos de cadeia curta, metabolismo de triptofano, síntese de vitaminas, produção de substâncias inflamatórias e neurotransmissores, entre outras.

Comparação técnica

Aplicação clínica Viome A tecnologia metatranscriptómica da Viome analisa mais de 50.000 genes microbianos activos por amostra, gerando scores de saúde com base no que o microbioma está efectivamente a fazer, não apenas na sua composição. Isto permite recomendações nutricionais e de suplementação que respondem ao estado funcional real do paciente.

Referências

1. Fontaine M, et al. Comparison between metatranscriptomics and viral metagenomics, 16S, and host transcriptomics for comprehensive profiling of the respiratory microbiome and host response. Frontiers in Microbiology. 2025. DOI: 10.3389/fmicb.2025.1685035
2. Matchado MS, et al. On the limits of 16S rRNA gene-based metagenome prediction and functional profiling. Microbial Genomics. 2024. DOI: 10.1099/mgen.0.001203
3. Sola-Leyva A, et al. 16S rRNA gene sequencing and meta-transcriptomic analyses: two molecular profiles with different messages. Human Reproduction Open. 2026. DOI: 10.1093/hropen/hoag001